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目录

1. 第一篇mba格式论文范文参考：蛋白质共价修饰及锌离子结合的生物信息学
2. 第二篇mba格式论文样文：无线传感网若干安全问题研究
3. 第三篇mba格式论文范文模板：多媒体智能教学系统研究与设计
4. 第四篇mba格式论文范例：高免疫原性T细胞抗原表位预测方法的研究
5. 第五篇mba格式论文范文格式：数字图像与语音被动取证技术研究

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第一篇mba格式论文范文参考：蛋白质共价修饰及锌离子结合的生物信息学

蛋白质共价修饰是指在细胞生命活动过程中,特定氨基酸残基的侧链共价地连接新的化学基团或小蛋白质,以及主链共价键在水解酶切的作用下发生断裂.共价修饰的时空特异性极大地丰富了蛋白质组的多样性,并在调节蛋白质的稳定性与功能上起到了极为重要的作用,从而参与细胞的各项生化和生理过程.目前已发现超过350种共价修饰,针对这些修饰的一系列研究也取得了可喜的进展.尽管如此,由于实验研究手段的限制以及相关数据的欠缺,只有少数几种共价修饰如蛋白质磷酸化得到了较为系统的研究.由于传统的实验学方法鉴定蛋白质的共价修饰需要耗费大量的时间、精力与资源,通过计算预测与分析来减少可能的靶标以指导体外或体内实验吸引了许多研究者的兴趣.另一方面,近年来高通量、高精度质谱技术以及高效分离与富集方法的快速发展极大地推动了共价修饰的相关研究.对某些修饰如磷酸化等,在一次实验中鉴定成千上万个底物及其位点已经成为较为常规的实验技术.然而,如何对这些数据进行系统分析并挖掘出其中的生物学含义,则完全依赖于生物信息学的发展.

目前,已有超过170个数据库与预测工具为共价修饰提供计算分析服务.然而,随着共价修饰的实验研究的逐步深入,相应的计算工具仍然较为缺乏或者精确度不够.因此,在之前的研究基础上,我们发展了更为有效的计算模型与算法以推进对共价修饰的研究.通过不断改进蛋白质共价修饰预测算法GPS,我们发布了一系列的算法版本,包括GPS2.1,GPS2.2和GPS3.0.利用这些算法,我们针对一系列不同的蛋白质共价修饰开发了预测工具,其中包括第一个蛋白质酪氨酸硝基化位点预测工具GPS-YNO2、第一个原核类泛素化位点预测工具GPS-PUP、第一个泛素化E3连接酶APC/C的底物模体识别软件GPS-ARM、第一个半胱胺酸亚硝基化位点预测工具GPS-SNO、第一个Plk家族激酶磷酸化与磷酸化结合位点预测工具GPS-Polo,以及相比其他预测工具而言准确度更高的激酶特异性磷酸化位点预测工具GPS2.1、calpain介导的酶切底物预测工具GPS-CCD、酪氨酸硫化位点预测工具GPS-TSP、半胱胺酸棕榈酰化位点预测工具CSS-Palm3.0.此外,还将算法扩展到其他领域,通过将吉布斯采样方法引入预测算法中,成功地实现了对抗原表位的的预测并开发了预测工具GPS-MBA.对于所有的预测工具我们均开发了在线预测服务网站与本地化可安装的预测软件.

除了开发预测工具以外,我们还整合并构建了共价修饰相关的数据资源,包括第一个赖氨酸乙酰化位点数据库、泛素化及类泛素化相关酶数据库、蛋白激酶及磷酸酶数据库.通过阅读文献,我们一共收集了3311个蛋白质中的7151个实验证实的赖氨酸乙酰化位点,并结合蛋白质相互作用信息等数据构建了CPLA (Compendium of Protein Lysine Acetylation)数据库以整合乙酰化底物及其位点.利用这些数据,我们首次构建了人类蛋白质赖氨酸乙酰化调控网络,对其进行的详尽计算分析指出组蛋白乙酰转移酶-底物-组蛋白去乙酰化酶三联体应该是乙酰化调控的主要机制,并对可能存在的三联体进行了大规模计算鉴定,已有一部分结果在之前以及最近的一些研究中得到了验证.针对泛素化以及类泛素化修饰,我们通过收集实验证实的修饰相关酶以及去修饰酶,结合隐马尔可夫模型和同源搜索计算方法,对70种真核生物中的E1、E2、E3和DUBs进行了计算鉴定,并提供了详细的注释和分类.利用类似的方法,我们还对84中真核生物中的蛋白激酶和磷酸酶进行了计算鉴定和注释以及进化分析.

利用预测工具,我们对共价修饰数据进行了更进一步的分析.对酪氨酸硝基化和半胱胺酸亚硝基化进行系统分析的结果表明,虽然这两种修饰都跟一氧化氮依赖的氧化压力关系密切,并且均参与抗凋亡等生物学过程,但是酪氨酸硝基化倾向于与更为基础的生物学过程如转录与翻译相关,而半胱胺酸亚硝基相比较而言更与离子转运、糖酵解等相关.而通过对酪氨酸上的三种修饰硫化、硝基化与磷酸化进行系统分析,我们对这三种修饰之间的串扰进行了研究.结果表明,硫化和硝基化之间的原位串扰显著地少,而硫化和硝基化都偏好于磷酸化酪氨酸上而不是非磷酸化酪氨酸上发生串扰.计算预测表明总共约有24.4%的已知的磷酸化位点可能也被硫化或者硝基化修饰.进一步的统计分析结果表明硫化和硝基化偏好于与磷酸化在不同的生物学过程和功能中串扰.基于目前已有的磷酸化组学数据,结合计算预测与分析方法,我们首次对Plk家族激酶介导的磷酸化调控进行了系统的分析,指出其调控方式主要为分配式模型.统计分析表明,相比于Plk介导的磷酸化底物,其磷酸化结合的蛋白质更与有丝分裂相关.进一步的计算分析以及体外体内实验证实了人源Mis18B是一个新的Plkl结合蛋白质,而pTl4和pS48为其磷酸化结合位点.

此外,与共价修饰类似的金属离子结合如锌离子的配位结合对蛋白质的结构与功能有着至关重要的作用.除了金属离子自身的生理作用以外,金属离子还通过参与蛋白质的功能行使而介入生命活动的各项过程.我们通过对锌离子与蛋白质结合位点的结构特征进行分析,发展出了基于蛋白质残基几何构型的锌离子结合位点预测方法.通过与同类计算工具进行仔细的比较,该方法被证明是可靠有效的.利用该方法,我们对已有晶体结构的蛋白质进行了大规模计算分析,其结果表明在进化过程中锌离子结合蛋白质显著更多地参与到高等生物的复杂生物学过程中来,并且显著地与疾病相关且富集在可能的药物靶点中.

综上,我们针对蛋白质共价修饰开发了一系列的预测工具与软件,构建了一系列的数据资源并对其进行了计算分析.在此基础上,我们针对蛋白质共价修饰组学数据发展出了统计与系统分析方法,并通过生化与细胞实验对计算结果予以证实.针对以锌离子结合为代表的蛋白质与金属离子结合,我们发展出了基于蛋白质结构几何特征的新的计算方法,并应用到大规模数据的分析中.我坚信,在当前共价修饰和金属离子结合的研究现状下,我们的生物信息学工作结合后续的生物化学与细胞生物学实验,能把蛋白质共价修饰以及蛋白质与金属离子结合引入新的快速发展阶段,从而更深入地探索蛋白质共价修饰以及蛋白质与金属离子结合在生命活动的重要功能及其作用机制.

第二篇mba格式论文样文：无线传感网若干安全问题研究

无线传感网由大量资源受限的传感器节点组成,彼此通过无线通信协同工作,在多个领域得到广泛应用.由于无线通信的开放性及传感器节点能耗、存储、计算等方面的限制,网络易受多种攻击,无线传感网的安全技术引起了广泛关注.论文在无线传感网的密钥管理、广播认证、数据汇聚等方面进行了深入研究,并取得以下研究成果：

(1).密钥分配是无线传感器网络中极具挑战性的安全问题之一,目前提出的解决方法是采用密钥预分配策略.在大部分现有的密钥预分配方案中,传感器节点预分配部分无助于与邻居节点进行密钥协商的无用密钥,造成一定的安全隐患.作者提出了基于位置信息的无用密钥消除方法,为表明如何在网络初始化阶段进行无用密钥消除,将所提方法用于一个基于位置信息的密钥预分配方案LBKP.分析与模拟表明所提方法有效地提高了节点受损攻击下的密钥安全性

(2).广播是无线传感器网络中重要通信手段,广播消息应及时认证.基于μT ESLA的认证方案效率高,但延迟公布认证密钥带来诸多安全隐患；基于签名的认证方案认证及时,但易受以消耗节点能量为目地的DoS攻击,同时,现有的抗DoS攻击广播认证方案大多不适合多用户传感器网络.作者在vBNN-IBS签名基础上提出了一种抗DoS攻击的多用户传感器网络广播认证方案DDA-MBAS,利用哈希运算及用户信息进行虚假数据过滤,在抵抗节点妥协攻击、主动攻击的基础上,以较低的能耗过滤虚假消息并有效地限制了妥协用户发起的DoS攻击及共谋攻击的安全威胁.

(3).提出了一种安全透明的传感器网络数据汇聚方案STDA(Secure and TransparentData Aggregation for WSN).利用同态加密技术,汇聚节点直接对密文操作完成数据完整性检查、数据源身份认证、数据汇聚等功能,保证了数据在汇聚及传输过程中的隐私性.可有效抵抗主动攻击、节点妥协攻击及DoS攻击等恶意行为,具有较高的安全性及数据可靠性；同时,汇聚结果提供了数据的全局分布信息,有利于异常节点检测及全网数据统计.

(4).提出了基于对称加密及单向函数的高效的传感器网络加密数据汇聚方案(EfcientEncrypted Data Aggregation Scheme for Wireless Sensor Networks,E2DAS).传感器节点使用对称密钥对原始数据进行加密,并通过单向函数完成MAC计算.汇聚头通过MAC验证完成完整性检查、发送方身份认证及数据汇聚等操作,保证了端到端数据安全传输.与相关数据汇聚方案相比,除了具有较高的安全性,文章方案较好的利用了邻居节点数据冗余度高的特点,进一步降低了通信开销.

第三篇mba格式论文范文模板：多媒体智能教学系统研究与设计

智能教学系统(Intelligent Tutoring System, ITS))作为人工智能问题的重要研究课题,内容涉及人工智能、计算机科学、认知科学、教育学、心理学、行为科学等多个领域,是一门综合性极强的交叉性学科.智能教学系统主要研究如何通过计算机模拟人类优秀教师,采取因人施教的教学策略,实现最有效的个别化的学习.自20世纪70年代以来,经过30年的发展,智能教学系统取得了较大的进展.现代计算机的发展和普及,特别是多媒体和网络技术与计算机性能的不断发展,加速了计算机应用于人类教育的过程.在智能教学系统功能不断完善,智能特征不断提高的同时,如何进一步适应用户要求不断提升、多媒体文件格式复杂多变、软件升级换代速度加快、软件开发成本不断攀升的需要,如何从整体上而不是局部地构建高智能、高交互、高灵活的自适应自组织高智能的多媒体智能教学系统,构成了本文研究工作的目标之一.

为实现上述目标,本文着重在两个核心问题上开展研究:一是知识的智能组织:主要是围绕系统的知识特性,在知识获取、知识表示、知识存储、知识结构等方面的内容,在领域专家的研究中予以体现,二是知识的动态运用:主要是围绕系统教学功能的实现上,按因材施教的智能教学思想,综合运用多种用户建模技术,根据不同学生的学习特点和具体要求,通过相应的教学策略,进行知识的智能调度,实现系统的教学目标,从而完成智能教学过程.

本文提出了基于SC文法的复杂知识划一表示方法和细粒度知识模型构建方法,在简化知识处理难度,加速知识整理的速度的同时,通过知识点结构化层次属性标注,促进了ITS系统复杂知识之间广泛语义联系的实现,创造性地提出了面向ITS的知识树增长模型,通过知识树动态构建和知识点结构和语义的映射过程,实现学生模型和教师模型动态一体化构建,并与动态教学规划和知识学习过程完全集成,系统采用面向对象的设计方法以及运用软件*的策略,使得系统结构清晰,智能良好,系统的智能化功能添加或改进更加方便,通过层次知识索引实现知识存储与知识调用无关,在保证知识有机联系的同时,使得知识可以动态智能化添加和系统维护,保证学生错误的正确定位和实时诊断,便利知识智能化查询,通过基于SC文法规则机制的智能推理方法,实现了启发式的知识搜索和调用,开展教学过程的智能化控制和实现,开放的软件结构和设计方法,便利了系统的扩展,在系统的学习规划以及系统体系化开发上,运用了机器学习机制和概率统计分析方法,通过知识内容与知识学习无关策略保证了系统领域无关的特性,使得系统可以作为一个通用的开发环境,进行广泛的多媒体智能教学系统的进一步研究和系列化开发.在本文的这些研究工作中,系统性地融合了遗传算法的基本方法和进化计算的设计思想,促进了系统的自适应持续优化,保证了系统的个别化最优化智能教学过程.

第四篇mba格式论文范例：高免疫原性T细胞抗原表位预测方法的研究

T细胞抗原表位是T细胞抗原上具有特殊功能的肽段,能够特异性地被T细胞识别,从而激起T细胞免疫应答.因此,研究T细胞抗原表位不仅有助于了解传染性疾病、自身免疫性疾病、过敏反应以及肿瘤等疾病的免疫应答机理,而且对计算机辅助疫苗设计起到推动作用.生物信息技术的迅猛发展为研究T细胞抗原表位提供了有效途径.针对目前T细胞抗原表位的研究现状,本文选择了其中的几个热点问题进行了研究.主要工作如下：

(1)结合序列信息和结构信息预测抗原表位是抗原表位预测工作的发展方向.HLA-A2分子是人群中普遍存在的一种MHCI类分子,选择HLA-A2结合的抗原肽作为研究对象,对抗原肽的氨基酸理化性质以及其与MHC结合时的能量项进行了挖掘.为了避免使用的特征存在冗余,影响到分类的效率和性能,利用最大相关最小冗余(MRMR)的方法对特征进行了筛选,最终筛选出了50个具有较高辨识能力的特征,构建了一个针对HLA-A2类分子抗原肽的预测方法.预测结果表明筛选出的特征能够有效地识别HLA-A2类分子结合的抗原肽.

(2)I-Ag7分子和HLA-DQ8分子是小鼠和人类体内与Ⅰ型糖尿病有关的MHCⅡ类分子.为预测这两类MHC分子限制性抗原表位,开发了GPS-MBA软件包.将吉布斯取样算法进行了改进,获得了抗原表位的核心序列,又使用GPS算法对这些核心序列进行打分,构建出预测模型.经过了全面的评测和比较,发现GPS-MBA的性能要优于同类型软件.使用此软件可以预测出大量潜在的Ⅰ-Ag7和HLA-DQ8抗原表位.另外,设计了Ⅰ型糖尿病的抗原表位数据库(TEDB),其中包含了所有的经过实验验证或预测出的与Ⅰ型糖尿病有关的抗原表位.

(3)为了验证阴性选择假说、研究抗原表位的免疫原性,分别针对人类和小鼠两个宿主,分析了外源T细胞抗原表位和非抗原表位肽段与宿主蛋白质序列之间的相似性.利用序列比对的方法,发现仅仅有极少量抗原表位与宿主蛋白质序列相似,这个数量低于非抗原表位肽段与宿主蛋白质序列相似的数量.这个结果表明,外源T细胞抗原表位与宿主蛋白质序列相似性低,提示了使用与宿主蛋白质序列相似性低的抗原表位做疫苗可以有助于降低交叉免疫反应的概率、增强疫苗免疫原性、触发抗原特异性免疫应答.

(4)为了进一步开发蛋白酶体酶切位点预测软件,以便提高预测抗原表位的准确度,开展了对现有预测软件的评估共作.日前已经有多种方法和软件对蛋白酶体酶切位点进行预测,比较常用的软件有PAProC、MAPPP与NetChop.使用统一的数据集对这三个软件进行性能评测,结果表明NetChop软件与另两个软件相比性能更好.

第五篇mba格式论文范文格式：数字图像与语音被动取证技术研究

网络带宽的增加和数字压缩算法的发展使得数字多媒体(视频、音频、图像等)成为了最佳的信息共享和交流的媒介.此外,个人电脑的普及和多媒体编辑软件的广泛应用,使得对多媒体数据地编辑、修改和伪造变得越加容易.恶意的攻击者可以轻易地对多媒体数据进行篡改与伪造,以达到恶意的目的.近年来,频繁出现的多媒体数据伪造事件,使公众对多媒体数据的完整性、可靠性和真实性提出了质疑,多媒体数据的取证成为当前国际信息安全领域研究的热点.

针对保障多媒体信息的完整性、可靠性和真实性的需求,结合科研项目的研究需要,本文致力于对数字多媒体被动取证的研究,分别以图像和语音为对象,研究了图像隐写与隐写分析技术和语音取证技术.

针对当前可逆信息隐藏算法缺乏安全性分析的现状,首先分析了当前流行的三种可逆信息隐藏算法,指出信息嵌入过程中引入的失真特性.理论研究发现,嵌入失真主要存在于图像水平方向的差分直方图中,而垂直方向的差分直方图基本保持不变.然后分别利用拉普拉斯模型、高斯模型以及相邻像素模型来描述差分直方图的分布特性,并同时提出利用水平和垂直方向差分直方图的相似度作为特征,实现了对常见的几种可逆信息隐藏算法地有效检测.实验表明,基于水平和垂直方向差分直方图相似度模型的检测算法的性能优于拉普拉斯模型、高斯模型和相邻像素模型.

针对目前对调色板图像的通用隐写分析研究较少的现状,提出了一种基于广义差值直方图和颜色相关图的调色板图像通用隐写算法.该方案首先提出了调色板图像隐写的通用框架,并从理论上分析了信息隐藏对调色板图像像素之间相关性的影响.提出利用RGB颜色各通道的广义差分直方图和颜色相关图来描述像素间的相关性,并提取差值直方图的特征函数矩、颜色相关图的特征函数重心以及高阶中心距作为特征,利用支持向量机作为分类器,实现了对几种常见GIF调色板图像隐写算法和隐写软件的可靠检测.实验结果表明,该算法的性能优于Lyu等人的通用检测算法和Du的专用检测算法,并与Fridrich的专用检测算法性能相当,但更具有推广能力.

提出了一种利用语音回声和背景噪声特征的录音环境识别算法.该算法认为,回声信号是一种环境相关的“固有指纹”,利用语音中的回声成分,可以实现录音环境地识别.该算法首先利用去回声算法,通过逆滤波的方式提取语音信号中的回声成分,然后利用粒子滤波提取语音信号的背景噪声作为补充,并提取MFCC、LMSC以及均值、方差、偏斜系数、峰度等高阶统计量作为分类特征,利用支持向量机实现对环境的分类检测.利用在8个不同环境中录制的2240段录音进行测试,结果表明,本方案提取的特征可以有效地区分录音环境,性能优于直接从语音信号中提取的特征,并且从回声信号中提取的特征不依赖于麦克风的类型.鲁棒性实验结果表明,该方案提取的特征对多种不同比特率的MP3压缩均具有鲁棒性.

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